由国际院士联合体总部及成员单位的工作人员组成，从事联合体各种日常工作。秘书处为联合体其他主要部门服务，执行执委会制定的方案与政策。秘书处的负责人是秘书长，秘书长由组委会推荐任命，任期五年，可以连任。

秘书处的主要职责：

一、执行执委会制定的方案与政策；
二、制定联合体相关业务管理办法及监督执行；
三、负责与政府相关部门的关系协调
四、为联合体相关部门提供后勤服务保障；
五、监督和管理外设地方办事机构；
六、协调和管理区域性国际院士联合体；
七、负责联合体重大项目落地相关事宜的协调和服务；
八、负责联合体合作单位的行政事务；
九、协调业务部门为企事业单位提供人才技术等服务等。

秘书处总部设在北京。